«عشق در زنجیر تعصب» سرگذشت دردناک جوانی به نام یوسف است؛ پسری ساده و صادق از یکی از قریه‌های بدخشان که در فقر بزرگ می‌شود، اما با تلاش و پشتکار، در رشتهٔ اقتصاد در دانشگاه کابل کامیاب می‌گردد.

در نخستین روزهای دانشگاه، با دختری به نام مینه آشنا می‌شود؛ دختری زیبا، مهربان و از خانواده‌ای بلندرتبه و زورمند. میان این دو، عشقی پاک و صادقانه شکل می‌گیرد، عشقی که نه بر پایهٔ ظاهر و ثروت، بلکه بر پایهٔ احساس و انسانیت است. اما این عشق، گرفتار دیوار بلندِ تعصب قومی و طبقاتی می‌شود.

مینه پشتون است و پدرش از مقام‌داران دولت. وقتی خانواده‌اش از رابطهٔ او با یوسف باخبر می‌شوند، با خشونت مانع می‌گردند. یوسف که دل‌باختهٔ واقعی است، تصمیم می‌گیرد برای نجات عشقش، با او فرار کند تا در جایی دور زندگی تازه‌ای بسازند.

اما سرنوشت، بی‌رحمانه با آنان بازی می‌کند. در مسیر فرار، افراد خانوادهٔ مینه آنها را پیدا می‌کنند. یوسف بازداشت و به اتهامات دروغین – قتل، قاچاق اسلحه و مواد – متهم می‌شود. در زندان، شکنجه و تحقیر می‌بیند و سرانجام به اعدام محکوم می‌شود.

پیش از اعدام، در سلولش کتابچه‌ای می‌نویسد؛ یادداشت‌هایی از زندگی و عشقش، از نخستین دیدار تا آخرین لحظه. آن کتابچه را به دوست صمیمی‌اش سعید می‌سپارد تا پس از مرگ، به مینه برساند.

سه روز بعد، در همان روزی که ارمغان به اجبار عروسی می‌کند، یوسف اعدام می‌شود. چند روز بعد، سعید کتابچه را به ارمغان می‌رساند. او با خواندنش، از شدت درد و غم، اشک میریزد و کتاب را به عنوان یادگار عشقش نگه می‌دارد.

در پایان، سعید یادداشت‌های یوسف را منتشر می‌کند تا همه بدانند که هنوز در این سرزمین، عشق زنده است؛ عشقی که گرچه در زنجیر تعصب جان داد، اما روحش آزاد و جاوید ماند.